Sinds het begin van de jaren zestig wonen er Koptisch Orthodoxe christenen in Nederland. De eerste families kwamen hier om te studeren en om betere beroepsperspectieven te vinden. In de jaren zeventig kwamen veel studenten tijdens hun Egyptische zomervakantie naar Nederland, voor vakantiewerk in de landbouw, in fabrieken, in de horeca of auto handel. Sommigen wilden hier blijven en vestigden zich definitief in Nederland. Als een Koptisch Orthodoxe geestelijke toevallig in Nederland verbleef nam hij de gelegenheid waar om de Heilige Liturgie op te dragen. Tot 1976 vonden zo’n drie à vier Heilige liturgieën plaats.

In de jaren daarna begon het aantal Koptisch Orthodoxe families sterk toe te nemen. In 1976 bezocht wijlen bisschop Anba Markos, de Metropoliet van de Kopten in Frankrijk, Nederland. Hij maakte er kennis met de families en stelde vervolgens een officiële kerkelijke registratie op. Daarna kwam ook bisschop Anba Athanasius en een vader uit Parijs om de kerkleden te bezoeken. Eens in de twee maanden werd de Heilige Liturgie door hen gecelebreerd in een gehuurde kerk in Amsterdam.

Op 30 mei 1985 vestigde Vader Arsenious El Baramousy (tegenwoordig Bisschop Arseny) zich als eerste Koptisch Orthodoxe priester permanent in Amsterdam om de Kopten in Nederland van dienst te kunnen zijn. Hij was gestuurd door wijlen Zijne Heiligheid Paus Shenouda III, Paus van Alexandrië en de 117e opvolger van St. Marcus de Evangelist.   Door zijn komst keken de Kopten uit naar een eigen kerk en zij spanden zich in om een geschikt gebouw te vinden. God leidde hen naar het huidige kerkgebouw (tegenwoordig het bisdom) in Amsterdam Noord.  

In Midden-Nederland werd Utrecht het Koptisch Orthodoxe centrum. In 1993 verzamelde Vader Arsenious El Baramousy de Kopten voor een Bijbelstudiebijeenkomst. Deze bijeenkomst groeide later uit tot een Heilige Liturgie. Begin juli 1998 werd met hulp van onze Heer Jezus Christus het huidige kerkgebouw aangekocht en genoemd naar de Martelaar de Heilige Mari Girgis en de Heilige Demiana.

Volgens de kerkstatistieken telt de Koptisch Orthodoxe gemeenschap in Nederland ca. 6000 personen verspreid over het hele land. 

De kerk verzorgt het geestelijk leven van Orthodoxe Kopten uit Egypte, Sudan, Ethiopië en Eritrea. Ook Nederlanders die door een huwelijk aan de kerk verbonden zijn of die zelfstandig tot het Orthodoxe geloof gekomen zijn behoren tot het werkterrein van de kerk. De Kerk deelt haar leden de Heilige Sacramenten uit zoals de doop, de communie, het huwelijk, en de ziekenzalving.

Daarnaast vinden er Bijbelstudiebijeenkomsten plaats, is er een zondagsschool voor diverse leeftijdsgroepen, zijn er jongerenbijeenkomsten en worden er huisbezoeken afgelegd. De kerk geeft ook aandacht aan het sociale leven van haar leden; zij geeft advies in juridische zaken, houdt medische consultaties en verzorgt materiële hulp, ziekenbezoek en stervensbegeleiding.